El Círculo Escéptico organiza en Bilbao desde 2007 el Día de Darwin, en colaboración con la Cátedra de Cultura Científica de la Universidad del País Vasco y la Biblioteca de Bidebarrieta. Desde mayo de 2011, celebra en la capital vizcaína los encuentros mensuales Enigmas y más (antes Enigmas y birras) y, desde 2019, programa un ciclo anual de charlas para la Biblioteca Foral de Vizcaya, entre otras actividades.
Ha participado en Santiago de Compostela en la organización de los encuentros Escépticos no pub, una iniciativa autónoma de los escépticos gallegos, sin distinción de filiación, y de la Asociación Gallega de Comunicación de Cultura Científica y Tecnológica. Y organiza desde 2015 el ‘Mes escéptico’ en La Coruña, en colaboración con los Museos Científicos Coruñeses.
Convoca desde 2016 el Premio José Carlos Pérez Cobo de periodismo y pensamiento crítico. Único en su género y dotado con 300 euros, reconoce el mejor artículo en español que fomente el escepticismo científico. Profesor de fisiología humana de la Universidad del País Vasco y divulgador científico, José Carlos Pérez Cobo fue un destacado miembro de la asociación. Murió el 21 de octubre de 2015 a consecuencia de un cáncer.
El Círculo Escéptico creó en 2018 el Premio Pepe Cervera al fomento del pensamiento crítico en medios de comunicación y digitales para reconocer a personas o entidades que hayan contribuido de forma notoria a los fines de la asociación. Miembro de la asociación, Pepe Cervera siempre transmitió pasión por el conocimiento y por el pensamiento crítico como herramienta fundamental para el futuro humano.
Desde 2024, el Círculo Escéptico reconoce anualmente a un destacado promotor de la pseudociencia, la superstición, la conspiranoia y las noticias falsas con el Premio VendeUmmos.
Además, la asociación participa en la organización de los Premios Isabel Zendal de promoción del pensamiento crítico en educación secundaria y bachillerato, en colaboración con la Universidad de La Coruña y la Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología (Fecyt). Estos galardones tienen como objetivo fomentar la práctica del escepticismo en la educación secundaria y toman su nombre de la enfermera gallega Isabel Zendal, clave en la extensión de la vacuna de la viruela por toda América y más allá.
El Círculo Escéptico quiere organizar actividades en toda España, en solitario y en colaboración con otras asociaciones e instituciones. Los socios que quieran liderar proyectos contarán con todo el apoyo logístico que precisen.